Tanto pelos compostos vegetais da matéria-prima do leite de soja, a leguminosa, como pelos minerais e vitaminas com que é enriquecido, a bebida tem vários benefícios para a saúde. É uma boa opção para quem sofre de intolerância à lactose, distúrbio que aparece na infância e que causa dor abdominal, diarréia, distensão digestiva e flatulência. O produto também pode ser incluído em uma dieta para emagrecer, já que suas calorias correspondem ao do leite desnatado.

O leite de soja ajuda a reduzir o colesterol total e o mau colesterol que se deposita nas artérias. Além disso, o consumo regular de soja diminui os transtornos da menopausa, prevenir a osteoporose e evitar o aumento do risco cardiovascular, que se produzem pela diminuição dos hormônios estrogênicos protetores da mulher.

A baixa incidência de casos de câncer de mama no Japão em comparação com a Europa Ocidental, de cinco a oito vezes menor, é atribuída ao maior consumo feminino dos fitoestrógenos da soja.