Apesar de o leite de soja feito em casa ser mais natural, ele tem alguns inconvenientes. Um deles é a pequena quantidade de cálcio, fator que impede a substituição integral do leite de vaca. Além disso, o leite de soja também pode causar reações alérgicas intensas.

Alguns médicos são reticentes na recomendação de fórmulas de soja às crianças alérgicas ao leite de vaca, por temor de estas provoquem reações ou outros efeitos adversos. Porém, não há estudos conclusivos a respeito.

Os casos de transtornos e inclusive de mortes por consumo de leite de soja em mal estado, que provocaram alarme uma vez, são resultantes de intoxicações, não diferem dos casos de intoxicação por qualquer outro alimento.