Receoso com as especulações que davam conta do interesse de Chelsea e Real Madrid na contratação de Thomas Muller, o Bayern de Munique renovou o contrato do jovem jogador até a metade de 2015 (o seu vínculo anterior ia até 2013).
O atleta, de apenas 20 anos, se destacou na última Copa do Mundo atuando pela seleção da Alemanha, na qual marcou cinco gols e deu três assistências em seus seis jogos no torneio – Muller não participou da semifinal contra a Espanha -, desempenho que o levou à conquista dos prêmios de Revelação e de Chuteira de Ouro do Mundial, oferecidos pela Fifa.
Segundo o jornal alemão Bild, o salário do jogador, que era de pouco menos de 2 milhões de euros por ano, aumentará para três milhões por temporada.
Revelado pelas categorias de base do Bayern, Muller estreou oficialmente no time profissional em agosto de 2008, e rapidamente se tornou titular, e um dos destaques, do time bávaro.
Na última temporada, Muller ajudou o clube alemão nas conquistas da Copa da Alemanha e do Campeonato Alemão, e também foi um dos destaques da campanha da equipe na Copa dos Campeões da Europa, torneio no qual o Bayern foi vice-campeão, perdendo a final para a Inter de Milão, da Itália.
