Os serviços de salvamento resgataram 11 pessoas, que foram transferidas para um hospital de Mamoudzou, apontaram as fontes.
Segundo as primeiras investigações, o barco partiu de Anjouan rumo a Mayotte clandestinamente e ficou à deriva desde a segunda-feira.
As fortes ondas registradas na região fizeram com que a nave se partisse em dois pedaços e afundasse.
Os 11 passageiros que foram salvos se mantiveram agarrados em uma das partes do barco que flutuava no oceano, até que foram avistados por um pesqueiro.
Um dispositivo de vigilância foi enviado ao local para continuar as buscas.