O crescimento industrial não foi capaz de impedir que Três Rios sentisse os efeitos da crise financeira internacional. O lado mais claro da crise, this segundo o secretário municipal de Indústria e Comércio, Júlio César Freitas, pôde ser visto com o fechamento de uma das 57 novas indústrias do município, antes mesmo de completar um ano de funcionamento.
Com a redução da demanda pelo minério de ferro nos mercados internacionais, houve um impacto no transporte desse tipo de carga pela ferrovia MRS. A conseqüência direta foi a redução da demanda pela manutenção das locomotivas da empresa transportadora, justamente o nicho de mercado da Transfesa, que empregava 80 pessoas.
O secretário acredita, no entanto, que a crise não interferiu no cronograma de investimentos das demais indústrias que se instalaram ou que ainda vão se instalar no município. Segundo ele, a vantagem de Três Rios para outras regiões é que seu pólo industrial é diversificado, com indústrias metal-mecânicas, químicas e alimentícias, por exemplo.